蛋白质组学研究方法选择及比较 目前研究蛋白组学的主要方法有蛋白质芯片及质谱法，本文将从多方面对两种研究方法进行了解与比较； 蛋白质芯片（Protein Array） 将大量不同的蛋白质有序地排列、固定于固相载体表面，形成微阵列。利用蛋白质分子间特异性结合的原理，实现对生物蛋白质分子精准、快速、高通量的检测。 主要类型： ●夹心法芯片(Sandwich-based Array) ●标记法芯片(Label-based Array) ●定量芯片(Quantitative Array) ●半定量芯片(Semi-Quantitative Array) 质谱（Mass Spectrometry） 用电场和磁场将运动的离子按它们的质荷比分离后进行检测，测出离子准确质量并确定离子的化合物组成，即通过对样品离子质荷比的分析而实现对样品进行定性和定量的一种方法。 主要类型：
●二维电泳+质谱(2D/Mass Spectrometry, MS) ●表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(Surface-enhanced laser desorption/ionization- time of flight, SELDI) ●同位素标记相对和绝对定量(Isobaric tags for relative and absolute quantitation, iTRAQ) Protein Array or Mass Spectrometry？ 如何选择合适的研究方法？以下将从六个方面进行比较与推荐： 1.筛查蛋白组学表达差异 建议选择：RayBiotech（1000个因子的芯片）+质谱 a)不同的方法学有不同的特点：对于质谱，可以筛查到未知的蛋白，但是对于分子量大、 低丰度的蛋白质，质谱的灵敏度和准确性有一定的限制。 b)不同的方法能筛查到的目标不同：根据Proteome Analysis of Human Aqueous Humor 一文中报道，质谱筛查到的差异蛋白集中在小分子与代谢物。而用RayBiotech芯片筛查到的结果，多是集中在细胞因子、趋化、血管、生长等等。 c)质谱筛查到355个蛋白，而RayBiotech抗体芯片也筛查到328个蛋白，且用定量芯片 验证25个蛋白有差异，这些蛋白是质谱找不到的。目前RayBiotech夹心法抗体芯片已经可以检测到1000个蛋白，采用双抗夹心法，尤其是对于低丰度蛋白，有很好的灵敏度和特异性，很多的低丰度蛋白是抗体芯片可以检测出来，而质谱检测不到的，且样品不经过变性和前处理，保持天然状态的样品直接检测，对于蛋白的检测准确度高。 d)质谱的重复性一直是质谱工作者纠结的问题，不同操作者的结果，不同样品处理条件， 峰值的偏移等影响因素都会产生大的影响；RayBiotech的夹心法芯片重复性高。
生物信息学分析FAQ CHAPTER ONE ABOUT GENE ONTOLOGY ANNOTATION (3) 什么是GO？ (3) GO和KEGG注释之前，为什么要先进行序列比对（BLAST）？ (3) GO注释的意义？ (3) GO和GOslim的区别 (4) 为什么有些蛋白没有GO注释信息？ (4) 为什么GO Level 2的统计饼图里蛋白数目和差异蛋白总数不一致？ (4) 什么是差异蛋白的功能富集分析&WHY？ (4) GO注释结果文件解析 (5) Sheet TopBlastHits (5) Sheet protein2GO/protein2GOslim (5) Sheet BP/MF/CC (6) Sheet Level2_BP/Level2_MF/Level2_CC (6) CHAPTER TWO ABOUT KEGG PATHWAY ANNOTATION (7) WHY KEGG pathway annotation? (7) KEGG通路注释的方法&流程？ (7) KEGG通路注释的意义？ (7) 为什么有些蛋白没有KEGG通路注释信息？ (8) 什么是差异蛋白的通路富集分析&WHY？ (8) KEGG注释结果文件解析 (8) Sheet query2map (8) Sheet map2query (9) Sheet TopMapStat (9) CHAPTER THREE ABOUT FEATURE SELECTION & CLUSTERING (10) WHY Feature Selection? (10)
聚类分析（Clustering） (10) 聚类结果文件解析 (10) CHAPTER FOUR ABOUT PROTEIN-PROTEIN INTERACTION NETWORK (12) 蛋白质相互作用网络分析的意义 (12) 蛋白质相互作用 VS生物学通路？ (12) 蛋白质相互作用网络分析结果文件解析 (12)
2018年南方科技大学校外调剂方案 （计算机科学与技术、计算机技术） 南方科技大学（哈工大联合培养）拟接收部分优秀校外调剂生，具体调剂方案： 一、接收调剂的学科及联系方式： 二、调剂申请条件 1、须符合招生简章中规定的调入学科报考条件，原则上要求本科985院校毕业； 2、本科专业背景或原报考学科(领域)与拟调剂学科(领域)相同或相近； 3、初试科目与调入学科初试科目相同或相近； 4、第一报考志愿初试成绩须达到我校对应学科（领域）的复试资格线，且满足调剂学科的复试资格线； 5、满足教育部和哈尔滨工业大学规定的调剂录取条件； 6、具体要求和未尽事宜请参阅《哈尔滨工业大学2018年硕士研究生招生考试复试及录取工作办法》（研院发[2018]4号）。 三、调剂流程及复试录取办法 1．流程 符合调剂条件并有意愿的校外调剂考生请提前联系南科大院系调剂工作人联系人，并按照以下方式报名： 3月18日12：00前发送个人信息到查收csyzb@sustc.edu.cn，调剂录取学生在教育部调剂系统开通后登陆全国硕士研究生招生调剂服务系统完成调剂程序（注意：调剂院校选择“哈尔滨工业大学”，院系选择“南方科技大学”及相关专业）。 2．复试
（1）报名结束后，南科大根据调剂复试方案中规定的条件，确定满足调剂条件的复试考生名单，并报哈工大研招办审核后组织考生复试； （2）调剂复试时间地点：另行通知； （3）调剂复试主要采用笔试与面试相结合，具体形式由各学科确定，主要考核综合素质、业务能力和外语水平。主要内容见《哈尔滨工业大学2018年硕士研究生招生考试复试及录取工作办法》（研院发[2018]4号），面试时考生可提供相关的证明材料。 3．录取 （1）低于复试合格线的考生将不予录取； （2）复试结束后将所有调剂考生的复试成绩及拟录取意见报哈工大研招办，复审合格后由南科大对外公布拟录取名单。 四、其他 复试时请提供准考证、身份证、非应届本科生需提交学历证书、学位证书、《教育部学历证书电子注册备案表》或《中国高等教育学历认证报告》；应届本科生需提交学生证、《教育部学籍在线验证报告》，其毕业证书及学士学位证书在入学时提交审查。 注意：南科大联合培养硕士调剂工作主要由南科大负责，不必联系哈工大研究生院及相关院系。 南科大研究生院 2018年3月16日
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用（北京大学药学院 杨春晖 学号：10389071） 一、 前言[1，2] 基因工程已令人难以置信的扩展了我们关于有机体DNA序列的认识。但是仍有许多新识别的基因的功能还不知道，也不知道基因产物是如何相互作用从而产生活的有机体的。功能基因组试图通过大规模实验方法来回答这些问题。但由于仅从DNA序列尚不能回答某基因的表达时间、表达量、蛋白质翻译后加工和修饰的情况、以及它们的亚细胞分布等等，因此在整体水平上研究蛋白质表达及其功能变得日益显得重要。这些在基因组中不能解决的问题可望在蛋白质组研究中找到答案。蛋白质组研究的数据与基因组数据的整合，将会在后基因组研究中发挥重要作用。 目前蛋白质组研究采用的主要技术是双向凝胶电泳和质谱方法。双向凝胶电泳的基本原理是蛋白质首先根据其等电点，第一向在pH梯度胶内等电聚焦，然后转90度按他们的分子量大小进行第二向的SDS-PAGE分离。质谱在90年代得到了长足的发展，生物质谱当上了主角，蛋白质组学又为生物质谱提供了一个大舞台。他们中首选的是MALDI-TOF，其分析容量大，单电荷为主的测定分子量高达30万，干扰因素少，适合蛋白质组的大规模分析。其次ESI为主的LC-MS 联机适于精细的研究。本文将简介几种常用的生物质谱技术，并着重介绍生物质谱技术在蛋白质组学各领域的应用。 二、 生物质谱技术[3，4] 1．电喷雾质谱技术（ESI）[5] 电喷雾质谱技术( Electrospray Ionization Mass Spectrometry , ESI - MS) 是在毛细管的出口处施加一高电压,所产生的高电场使从毛细管流出的液体雾化成细小的带电液滴,随着溶剂蒸发,液滴表面的电荷强度逐渐增大,最后液滴崩解为大量带一个或多个电荷的离子,致使分析物以单电荷或多电荷离子的形式进入气相。电喷雾离子化的特点是产生高电荷离子而不是碎片离子, 使质量电荷比(m/ z)降低到多数质量分析仪器都可以检测的范围,因而大大扩展了分子量的分析范围,离子的真实分子质量也可以根据质荷比及电荷数算出。 2．基质辅助激光解吸附质谱技术（MOLDI）[5-7] 基质辅助激光解析电离（MOLDI）是由德国科学家Karas和Hillenkamp发现的。将微量蛋白质与过量的小分子基体的混合液体点到样品靶上，经加热或风吹烘干形成共结晶，放入离子源内。当激光照射到靶点上时，基体吸收了激光的能力跃迁到激发态，导致蛋白质电离和汽化，电离的结果通常是基体的质子转移到蛋白质上。然后由高电压将电离的蛋白质从离子源转送到质量分析器内，再经离子检测器和数据处理得到质谱图。TOF质量分析器被认为是与MALDI的最佳搭配，因为二者都是脉冲工作方式，在质量分析过程中离子损失很少，可以获得很高的灵敏度。TOF质量分析器结果简单，容易换算，蛋白质离子在飞行管内的飞行速度仅与他的(m/z)-1/2成正比，因此容易通过计算蛋白质离子在飞行管内的飞
致南方科技大学的自荐信 篇一 尊敬的南方科技大学招生办领导、老师们： 您好，我叫XXX，是X 中学高三理科班的一名学生，非常感谢您耐心看完我的个人申请材料。希望这是我成功的开始。 作为一名高中生，我对南方科技大学的向往由来已久，南方科技大学悠久的历史，深厚的文化底蕴，丰富的教学资源，良好的学术氛围，强烈的时代气息，无不深深吸引着我。我将选择贵校为第一志愿，非常渴望能在明年7 月拿到贵校的录取通知书，成为一名光荣的南方科技大学大学生，成为一名对社会、对祖国有用的人才。 朝气蓬勃篇 在多年的学习过程中，从小学习成绩一直领先的我，中考时在一万五千多名考生中凭借自己的努力以全县前五十名成绩考入县一中实验班，经过三年的锤炼，我已经成长为意志坚强、底蕴深厚、成熟内敛、热爱生活、有爱心、有同情心、有上进心、德智体全面发展的优秀学生。 我性格开朗，兴趣广泛，天文地理、国内国际形势都会引起我极大的兴趣与关注。我喜欢参加学校组织的各种活动，喜欢运动、唱歌，
做过校园联欢晚会主持人等，这些爱好，让我不但在学习上，而且在德体美多方面取得进步。 我是个乐观向上的年轻人。热爱生活，逆境也不畏惧，对生活充满信心和希望。我坚信，我的努力会让我达到成功的梦想。我喜欢感受快乐，我希望把快乐传递给我身边的每一个人，我为强者欢呼，为弱者流泪，我相信送人玫瑰手留余香。我用自己的真诚，博得良好的同学缘，老师们也都对我非常认可，这多来自我单纯、直率、热情的性格。 孜孜以求篇 我从来没有被迫读过书，对知识的渴求皆兴趣使然。自从记忆抽芽，浩瀚的知识所闪耀的人类智慧的光辉就让我迷醉。作为一名理科生，养成了行事条理分明的个性，亦是一个做事果断、有主见、有分寸的人。无论在学习上，还是在生活中，我都努力达到事半功倍的的效果。充分发挥自己的潜力。我常常用更少的时间就能学会别人在标准学习时间内才能获取的知识，经常花费别人的一部分时间完成和别人同样的作业任务。在高中历次的期中、期末考试中，我的成绩大多领先，这些都源自我科学的学习方法和良好的学习习惯。 我的世界是充满挑战的世界，因为我探索着新世界; 我的世界也是一个永不言败的世界，因为我不住挥动翅膀。也许，我所奔赴的天空是难以抵达的，但我明白我走过的每一段路途，探索了的每一块空间
. 南方科技大学，校园环境优美，位于深圳市南山区，是国家高等教育综合改革试验校，由中国广东省领导和管理。 学校以理、工、医学学科为主，兼具部分特色人文社会学科与 管理学科，目前有14 个院系，在校生5300 余人。 2017年新增成为具备保研资格的高校，2018 年入选博士学位授权单位及硕 士学位授权单位，获批数学、物理学、化学、生物学、力学、电子科学 与技术等 6 个硕士学位授权一级学科及工程硕士专业学位授权点，数学、物理学、生物学、力学 4 个博士学位授权点。
一、总体情况 2015年，南科大共录取本科新生937人，比去年多招329人。 2019届毕业生800人。
4年后少了137人？ 二、总体去向 截至2019年6月底，南科大800名本科应届毕业生中目前已获升学就业offer的有 733人。其中，近六成毕业生选择了升学深造，超过三成毕业生选择就业。 继续深造465名，占本科毕业生总数的58.13%。 国内升学共计174人，占比21.75%。 在境外升学共计291人，占比36.38%。 整理如下： 三、国内升学 1、国内升学 其中保研141人，考研33人，共计174人。 保送毕业生就读高校包括清华大学、北京大学、中国科学院大学、中国科学技术大学、上海交通大学、浙江大学、中山大学、厦门大学、西安交通大学、中科院直属院所等知名高校、院所，以及上海科技大学、西湖大学等新兴高校。
还有部分优秀毕业生选择留在本校读研，继续开展本科阶段的科研项目。 总计共152人直接攻读博士学位。 四、境外留学 境外留学共计291人。 自主申请245人，境外联培46人。 其中，104人前往世界前50名高校就读，大部分入读世界前100位高校。 包括：（美国）斯坦福大学、约翰?霍普金斯大学、杜克大学、康奈尔大学、卡耐基梅隆大学、宾夕法尼亚大学、哥伦比亚大学、西北大学、普渡大学、密歇根大学、伊利诺伊大学、加州大学伯克利分校、加州大学洛杉矶分校、加州大学圣地亚哥分校、加州大学欧文分校、加州大学河滨分校、纽约大学、纽约州立大学、康涅狄格大学、布法罗大学、纽约州立大学石溪分校、北卡罗莱纳州立大学、埃默里大学、达特茅斯学院、波士顿大学、罗切斯特大学、冷泉港实验室、佐治亚理工学院、圣母大学、亚利桑那大学、南加州大学、马里兰大学、圣路易斯华盛顿大学、俄亥俄州立大学、佛罗里达大学、芝加哥大学、明尼苏达大学双城分校、北卡罗莱纳大学教堂山分校、德州大学奥斯汀分校、匹兹堡大学、罗格斯大学，（英国）伦敦大学学院、伦敦国王学院、爱丁堡大学、曼彻斯特大学，（德国）慕尼黑工业设计大学，（荷兰）阿姆斯特丹自由大学、瓦格宁根大学，（瑞士）苏黎世联邦理工学院、洛桑联邦理工学院，（比利时）鲁汶大学，（丹麦）哥本哈根大学，（加拿大）麦吉尔大学、多伦多大学、大不列颠哥伦比亚大学，（澳大利亚）悉尼大学、昆士兰大学、墨尔本大学、莫纳什大学、新南威尔士大学，（日本）东京大学、东北大学，（新加坡）新加坡国立大学、南洋理工大学，（中国香港）香港大学、香港中文大学、香港科技大学、香港理工大学等。 五、工作情况 共268人选择直接就业，占本科毕业生总数的33.5%。 其中包括就业265人，创业3人。 1、就业地点 毕业生们更倾向于在粤港澳大湾区工作，近八成在深圳就业。
第35卷 第1期2011年1月 南京林业大学学报(自然科学版) Journa l o fN anji n g Forestry Un i v ersity (Natural Sc ience Ed ition) V o.l 35,N o .1Jan .,2011 htt p ://www.n l dxb .com [do :i 10.3969/.j issn .1000-2006.2011.01.024] 收稿日期:2009-12-31 修回日期:2010-10-26 基金项目:国家自然科学基金项目(31000287);江苏省高校自然科学基础研究项目(10KJ B220002) 作者简介:甄艳(1976)),副教授,博士。*施季森(通信作者),教授。E-m ai:l js h @i n jfu .edu .cn 。 引文格式:甄艳,施季森.质谱技术在蛋白质组学研究中的应用[J].南京林业大学学报:自然科学版,2011,35(1):103-108. 质谱技术在蛋白质组学研究中的应用 甄 艳,施季森 * (南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏 南京 210037) 摘要:随着蛋白质组学研究的迅速发展,质谱技术已成为应用于蛋白质组学研究中的强有力工具和核心技术。质谱技术的先进性在于为蛋白质组学研究提供的通量和分子信息。笔者重点概述了基于质谱路线的蛋白质组学研究,介绍了基于质谱的定量蛋白质组学﹑翻译后修饰蛋白质组学、定向蛋白质组学、功能蛋白质组学以及基于串联质谱技术的蛋白质组学数据解析的研究 进展。 关键词:质谱;蛋白质组学;定量蛋白质组学;翻译后修饰;定向蛋白质组学;功能蛋白质组学中图分类号:Q81 文献标志码:A 文章编号:1000-2006(2011)01-0103-06 Application of m ass spectro m etry i n proteo m ics studies Z HEN Yan ,SH I Jisen * (K ey Labo ra t o ry o f F orest G eneti cs and B i o techno l ogy M i n istry o f Educati on , N an ji ng Forestry U n i versity ,N an ji ng 210037,Chi na) Abstrac t :W ith the rap i d develop m ent o f pro teo m i cs ,m ass spec trom etry i s m aturi ng to be a po w erfu l too l and core tech -nology fo r proteo m ics st udies dur i ng the recen t years .The super i or ity o fm ass spectrom etry lies i n providi ng the through -pu t and the m olecu lar infor m ati on ,w hich no other techno logy can be m a tched i n proteom ics .In th i s rev ie w,w e m ade a g lance on the outli ne o fm ass spectrome try -based proteo m ics .A nd then w e addressed on t he advances o f data ana l y si s o f m ass spec trom etry -based proteom ics ,quantitati ve m ass spectro m etry -based pro teom i cs ,post -translati onal m odificati ons based m ass spectrom etry ,targeted proteo m ics and functiona l proteo m ics based -mass spectrome try .K ey word s :m ass spectrome try;proteo m ics ; quantitative pro teom i cs ; post -trans l ation m odifica ti on ; targ eted pro - teo m i cs ;f uncti ona l proteom ics 蛋白质组学(Pr o teo m ics)是从整体水平上研究细胞内蛋白质的组成、活动规律及蛋白质与蛋白质的相互作用,是功能基因组学时代一门新的学科。 目前蛋白质组学的研究主要有两条路线:一是基于双向电泳的蛋白质组学;二是基于质谱的蛋白质组学,其中基于双向电泳的蛋白质组学研究路线最终也离不开质谱技术的应用。自20世纪80年代末,两种质谱软电离方式即电喷雾电离(electro spray ion izati o n,ESI )和基质辅助激光解析离子化(m a -tri x assisted laser desorpti o n i o nization ,MALD I)的发明和发展解决了极性大、热不稳定蛋白质和多肽分 析的离子化和分子质量大的测定问题[1] ,蛋白质组学研究中常用的质谱分析仪包括离子阱(ion trap ,I T),飞行时间(ti m e of fli g h,t TOF),串联飞行时间(TOF -TOF),四级杆/飞行时间(quadr upo le /TOF hybrids),离子阱/轨道阱(I T /orbitrap hybri d )和离子阱/傅里叶变换串联质谱分析仪(I T /Four i e r transfor m ioncyclotron resonance m ass spectro m eters hybr i d s ,I T /FT M S),这些质谱仪具有不同的灵敏度、分辨率、质量精确度和产生不同质量的M S /M S 谱[2] 。质谱作为蛋白质组学研究的一项强有力的工具日趋成熟,并作为样品制备及数据分析的信息学工具被广泛地应用。因此,有学者指出质谱技术 已在蛋白质组学研究中处于核心地位[3] 。目前在通量及所包含的分子信息内容上,基于质谱的蛋白质组学技术在细胞生物学研究中可以鉴定和量化
蛋白质质谱分析研究进展作者：汪福源蛋白质质谱分析研究进展摘要：随着科学的不断发展，运用质谱法进行蛋白质的分析日益增多，本文简要综述了肽和蛋白质等生物大分子质谱分析的特点、方法及蛋白质质谱分析的原理、方式和应用，并对其发展前景作出展望。关键词：蛋白质，质谱分析，应用前言：蛋白质是生物体中含量最高，功能最重要的生物大分子，存在于所有生物细胞，约占细胞干质量的50%以上，作为生命的物质基础之一，蛋白质在催化生命体内各种反应进行、调节代谢、抵御外来物质入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用，因此蛋白质也是生命科学中极为重要的研究对象。关于蛋白质的分析研究，一直是化学家及生物学家极为关注的问题，其研究的内容主要包括分子量测定，氨基酸鉴定，蛋白质序列分析及立体化学分析等。随着生命科学的发展，仪器分析手段的更新，尤其是质谱分析技术的不断成熟，使这一领域的研究发展迅速。自约翰.芬恩(JohnB.Fenn)和田中耕一(Koichi.Tanaka)发明了对生物大分子进行确认和结构分析的方法及发明了对生物大分子的质谱分析法以来，随着生命科学及生物技术的迅速发展，生物质谱目前已成为有机质谱中最活跃、最富生命力的前沿研究领域之一[1]。它的发展强有力地推动了人类基因组计划及其后基因组计划的提前完成和有力实施。质谱法已成为研究生物大分子特别是蛋白质研究的主要支撑技术之一，在对蛋白质结构分析的研究中占据了重要地位[2]。1．质谱分析的特点质谱分析用于蛋白质等生物活性分子的研究具有如下优点：很高的灵敏度能为亚微克级试样提供信息，能最有效地与色谱联用，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。2．质谱分析的方法近年来涌现出较成功地用于生物大分子质谱分析的软电离技术主要有下列几种：1)电喷雾电离质谱；2)基质辅助激光解吸电离质谱；3)快原子轰击质谱；4)离子喷雾电离质谱；5)大气压电离质谱。在这些软电离技术中，以前面三种近年来研究得最多，应用得也最广泛[3]。3．蛋白质的质谱分析蛋自质是一条或多条肽链以特殊方式组合的生物大分子，复杂结构主要包括以肽链为基础的肽链线型序列[称为一级结构]及由肽链卷曲折叠而形成三维[称为二级，三级或四级]结构。目前质谱主要测定蛋自质一级结构包括分子量、肽链氨基酸排序及多肽或二硫键数目和位置。3.1蛋白质的质谱分析原理以往质谱(MS)仅用于小分子挥发物质的分析，由于新的离子化技术的出现，如介质辅助的激光解析/离子化、电喷雾离子化，各种新的质谱技术开始用于生物大分子的分析。其原理是：通过电离源将蛋白质分子转化为气相离子，然后利用质谱分析仪的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值(M/Z值)的蛋白质离子分离开来，经过离子检测器收集分离的离子，确定离子的M/Z值，分析鉴定未知蛋白质。3.2蛋白质和肽的序列分析现代研究结果发现越来越多的小肽同蛋白质一样具有生物功能，建立具有特殊、高效的生物功能肽的肽库是现在的研究热点之一。因此需要高效率、高灵敏度的肽和蛋白质序列测定方法支持这些研究的进行。现有的肽和蛋白质测序方法包括N末端序列测定的化学方法Edman法、C末端酶解方法、C末端化学降解法等，这些方法都存在一些缺陷。例如作为肽和蛋白质序列测定标准方法的N末端氨基酸苯异硫氰酸酯(phenylisothiocyanate)PITC分析法(即Edman法，又称PTH法)，测序速度较慢(50个氨基酸残基/天)；样品用量较大(nmol级或几十pmol级)；对样品纯度要求很高；对于修饰氨基酸残基往往会错误识别，而对N末端保护的肽链则无法测序[4]。C末端化学降解测序法则由于无法找到PITC这样理想的化学探针，其发展仍面临着很大的困难。在这种背景下，质谱由于很高的灵敏度、准确性、易操作性、快速性及很好的普适性而倍受科学家的广泛注意。在质谱测序中，灵敏度及准确性随分子量增大有明显降低，所以肽的序列分析比蛋白容易许多，许多研究也都是以肽作为分析对象进行的。近年来随着电喷雾电离质谱(electrospray ionisation，ESI)及基质辅助激光解吸质谱(matrix assisted laser desorption/ionization，MALDI)等质谱软电离技术的发展与完善，极性肽分子的分析成为可能，检测限下降到fmol级别，可测定分子量范围则高达100000Da，目前基质辅助的激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI
南方科技大学 2019年硕士研究生入学考试大纲 考试科目名称：电子科学与技术综合考试科目代码：808 总说明：电子科学与技术综合为模电与数电出三道题，信号与系统出三道题，固体电子学出三道题，共九道题，每道题均为30分，考生在其中任选五道题作答。考试时间：180分钟，满分：150分（考试时，允许考生携带无存储功能的计算器）。 一、考试要求 ●模电与数电：全面系统地掌握模拟电路的基本概念及基本定律，并且能灵 活运用，注意理论联系实际，具有较强的分析和设计模拟电路的能力。全面系统地掌握数字电路的基本概念、原理、分析思路与设计方法，以及相关器件与电路在逻辑电路设计中的实际应用；能够灵活运用相关知识分析和解决较综合性的问题。 ●信号与系统：全面系统地掌握信号与系统的基本概念、原理、分析方法， 并且能灵活运用，注意理论联系实际，具有较强理论应用能力。 ●固体电子学：全面而系统地掌握电子材料与器件的基础理论；掌握相关的 知识点，深入理解其物理含义，能够运用这些知识解决实际应用中的一些基本问题，具有一定的公式推导能力；能够灵活运用相关知识分析和解决较综合性的问题。 二、考试内容 ●模电与数电： 1.半导体基础：PN结的形成、PN结的伏安特性、PN结的单向导电性能，半导 体二极管、三极管的伏安特性、主要参数及简单应用，双极型三极管的电流放大原理、伏安特性及其主要参数，场效应管的电压放大原理、伏安特性及其主要参数。 2.基本放大电路：共射、共集、共基放大电路以及场效应管放大电路的概 念；共射、共集、共基放大电路以及场效应管放大电路的工作原理和分析
方法；共射、共基、共集三种组态放大电路基本接法方法。 3.多级放大电路：多级放大电路的耦合方式，直接耦合电路的动态分析、零 漂抑制电路、差分放大电路的静态和动态参数计算、互补输出级电路、以及多级放大电路。 4.集成运放电路：集成运放的组成及电压传输特性、镜像电流源及衍生电 路，集成运放电路的简单分析和判断。 5.放大电路的频率响应：放大电路的幅频特性及相频特性，影响电路频率特 性的原因及高频等效分析模型，波特图对频率响应的表示方法。 6.放大电路中的反馈：反馈的基本概念及思想，负反馈的基本组态及判定方 法，深度负反馈电路的分析方法，负反馈对放大电路性能的影响。 7.信号的运算和处理：基本运算电路，模拟乘法器及其在运算电路中的应 用；有源滤波电路；其他实用放大电路。 8.波形的发生和信号的转换：正弦波振荡电路，电压比较器，非正弦波发生 电路，基于集成运放的信号转换。 9.数制与码制：数制、源码、反码、补码等基本概念；采用补码进行带符号 加法运算的原理；了解常用的编码类型。 10.逻辑代数基础：逻辑代数的基本运算、基本定律与定理；逻辑问题的描述 方法、逻辑函数的表示方式；逻辑函数的化简（代数法和卡诺图法）与变换。 11.门电路：TTL门电路和CMOS门电路的逻辑功能、外特性和使用方法。 12.组合逻辑电路：组合逻辑电路的特点、分析与设计方法；常用集成组合逻 辑器件的逻辑功能和使用方法。 13.触发器：触发器的动作特点、逻辑功能分类及描述、电气特性以及性能指 标。 14.时序逻辑电路：同步时序逻辑电路的特点、分析与设计方法；常用集成时 序逻辑器件的的逻辑功能和使用方法。
基于质谱分析的蛋白质组学 在21世纪，生命科学的研究进入了后基因组时代，蛋白质组学作为其中的一个重要分支于20世纪90年代中期应运而生。由于蛋白质的复杂性，传统的蛋白质鉴定方法如末端测序等已无法满足蛋白质组学研究中的一系列需要。因此，质谱技术作为蛋白质组学研究的一项强有力的工具日趋成熟，并作为样品制备和数据分析的信息学工具被广泛地应用。质谱技术具有灵敏度、准确度、自动化程度高的优点，能准确测量肽和蛋白质的相对分子质量，氨基酸序列及翻译后修饰、蛋白质间相互作用的检测[1]，因此质谱分析无可争议地成为蛋白质组学研究的必然选择。 1. 蛋白质组学 蛋白质组学（proteomics ）是从整体水平上研究细胞内蛋白质的组成、活动规律及蛋白质与蛋白质的相互作用，是功能基因组学时代一门新的科学。包括鉴定蛋白质的表达、修饰形式、结构、功能和相互作用等。根据研究目的，蛋白质组学可以分为表达蛋白质组学、结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。表达蛋白质组学用于细胞内蛋白样品表达的定量研究。以绘制出蛋白复合物的结构或存在于一个特殊的细胞器中的蛋白为研究目的的蛋白质组学称为结构蛋白质组学，用于建立细胞内信号转导的网络图谱并解释某些特定蛋白的表达对细胞的作用[2]。功能蛋白质组学以细胞内蛋白质的功能及蛋白质之间的相互作用为研究目的，通过对选定的蛋白质组进行研究和分析，能够提供有关蛋白质的磷酸化、糖基化等重要信息。 蛋白质组学研究的核心就是能够系地的鉴定一个细胞或组织中表达的每一个蛋白质及蛋白质的性能。蛋白质组学的主要相关技术有双向凝胶电泳、双向荧光差异凝胶电泳、质谱分析等[2]。由于蛋白质的高度复杂性和大量低丰度蛋白质的存在，对分析技术提出了巨大挑战，生物质谱技术则是适应这一挑战的必然选择。 2. 生物质谱技术
硕士生招生复试考生须知 （2020 年） 根据疫情防控形势和教育部关于招生复试的要求，我校2020年硕士生招生复试采取网络远程复试的方式进行，为确保复试过程的顺利进行，请考生认真阅读本须知并严格执行。 一、考前准备 （1）双机位监控：正面机位为主机位，可以清晰拍摄到考生的头面部、双手和桌面；侧后45°机位为副机位，可以清晰拍摄到考生的上半身、桌面和主机位屏幕。 （2）正面机位推荐采用笔记本电脑或配有摄像、话筒功能的台式机。如只能使用手机，应尽量使用飞行模式并打开WIFI；如只能使用流量模式，应在考核期间采用呼叫转移功能，或者有电话接入时要及时挂机，避免影响考核。侧后机位为环境监测机位，在网络远程复试主平台出现意外故障时可以作为备用设备。 （3）同一房间内只能有一台设备连接音频，以防止啸叫。推荐考生打开主机位扬声器，以便与复试专家沟通。不允许考生佩戴耳机。（4）考生还要准备一部备用联系电话，确保突发状况下能及时联系到考生。 （5）考生选择的考试环境要相对安静、无干扰、光线适宜、网络信号良好、相对封闭，不得选择网吧、商场、广场等影响音视频效果和有损考试严肃性的场所。复试期间视频环境必须是真实背景，不允许使用虚拟背景、更换视频背景。
（6）除考生本人二代居民身份证、准考证和一部备用手机（屏幕向下）外，考试桌面上不得有其他任何与考试无关的物品，考核期间也不得有其他人在场。经监考人员提醒后仍不能立即改正，则视作考试违纪。 （7）考生复试时须保证视频中本人图像清晰，不能过度修饰仪容，不得佩戴墨镜、帽子、头饰、口罩、耳机等，头发不得遮挡面部、耳部。复试全程考生应保持注视摄像头，视线不得离开，不能以任何方式变声、改变人像。 （8）远程复试平台为腾讯会议，考生要提前安装并熟练操作（下载地址：https://meeting.tencent.com/），请下载最新版本的客户端参加复试，不要使用小程序；备用平台为钉钉，考生也要提前安装并熟练操作（下载地址：https://www.dingtalk.com/）。 （9）请考生提前准备好远程复试所需的设备，复试前学院会通知进行模拟测试，以保证复试过程正常进行。如因未参加模拟测试导致复试过程出现问题，后果由考生自负。 二、复试流程及注意事项 （1）复试前一天，院系根据随机分组情况通知考生候考区会议号及其复试序号。复试序号由两部分组成，考场号+顺序号，如A12 代表A场12 号。 （2）复试当天，考生应在考试开始前30 分钟进入线上候考区。考生一律以复试序号为名称进行登录，不得出现个人姓名或手机号等信息，一旦发现且不能立即更改者，即视为违纪。主机位命名为考生序
第35卷 第1期2011年1月 南京林业大学学报(自然科学版) J o u r n a l o f N a n j i n g F o r e s t r y U n i v e r s i t y (N a t u r a l S c i e n c e E d i t i o n ) V o l .35,N o .1 J a n .,2011 h t t p ://w w w .n l d x b .c o m [d o i :10.3969/j .i s s n .1000-2006.2011.01.024] 收稿日期:2009-12-31 修回日期:2010-10-26 基金项目:国家自然科学基金项目(31000287);江苏省高校自然科学基础研究项目(10K J B 220002) 作者简介:甄艳(1976—),副教授,博士。＊施季森(通信作者),教授。E -m a i l :j s h i @n j f u .e d u .c n 。 引文格式:甄艳,施季森.质谱技术在蛋白质组学研究中的应用[J ].南京林业大学学报:自然科学版,2011,35(1):103-108. 质谱技术在蛋白质组学研究中的应用 甄 艳,施季森 ＊ (南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏 南京 210037) 摘要:随着蛋白质组学研究的迅速发展,质谱技术已成为应用于蛋白质组学研究中的强有力工具和核心技术。质谱技术的先进性在于为蛋白质组学研究提供的通量和分子信息。笔者重点概述了基于质谱路线的蛋白质组学研究,介绍了基于质谱的定量蛋白质组学﹑翻译后修饰蛋白质组学、定向蛋白质组学、功能蛋白质组学以及基于串联质谱技术的蛋白质组学数据解析的研究 进展。 关键词:质谱;蛋白质组学;定量蛋白质组学;翻译后修饰;定向蛋白质组学;功能蛋白质组学中图分类号:Q 81 文献标志码:A 文章编号:1000-2006(2011)01-0103-06 A p p l i c a t i o n o f m a s s s p e c t r o m e t r y i n p r o t e o m i c s s t u d i e s Z H E NY a n ,S H I J i s e n ＊ (K e y L a b o r a t o r y o f F o r e s t G e n e t i c s a n d B i o t e c h n o l o g y M i n i s t r y o f E d u c a t i o n , N a n j i n g F o r e s t r y U n i v e r s i t y ,N a n j i n g 210037,C h i n a ) A b s t r a c t :W i t ht h e r a p i d d e v e l o p m e n t o f p r o t e o m i c s ,m a s s s p e c t r o m e t r y i s m a t u r i n g t o b e a p o w e r f u l t o o l a n dc o r e t e c h -n o l o g y f o r p r o t e o m i c s s t u d i e s d u r i n g t h e r e c e n t y e a r s .T h e s u p e r i o r i t y o f m a s s s p e c t r o m e t r y l i e s i n p r o v i d i n g t h e t h r o u g h -p u t a n d t h e m o l e c u l a r i n f o r m a t i o n ,w h i c hn o o t h e r t e c h n o l o g y c a n b e m a t c h e di np r o t e o m i c s .I nt h i s r e v i e w ,w e m a d e a g l a n c e o n t h e o u t l i n e o f m a s s s p e c t r o m e t r y -b a s e d p r o t e o m i c s .A n dt h e nw e a d d r e s s e d o n t h e a d v a n c e s o f d a t a a n a l y s i s o f m a s s s p e c t r o m e t r y -b a s e dp r o t e o m i c s ,q u a n t i t a t i v em a s ss p e c t r o m e t r y -b a s e dp r o t e o m i c s ,p o s t -t r a n s l a t i o n a l m o d i f i c a t i o n s b a s e d m a s s s p e c t r o m e t r y ,t a r g e t e d p r o t e o m i c s a n df u n c t i o n a l p r o t e o m i c s b a s e d -m a s s s p e c t r o m e t r y . K e yw o r d s :m a s ss p e c t r o m e t r y ;p r o t e o m i c s ;q u a n t i t a t i v ep r o t e o m i c s ;p o s t -t r a n s l a t i o n m o d i f i c a t i o n ;t a r g e t e d p r o -t e o m i c s ;f u n c t i o n a l p r o t e o m i c s 蛋白质组学(P r o t e o m i c s )是从整体水平上研究细胞内蛋白质的组成、活动规律及蛋白质与蛋白质的相互作用,是功能基因组学时代一门新的学科。目前蛋白质组学的研究主要有两条路线:一是基于双向电泳的蛋白质组学;二是基于质谱的蛋白质组学,其中基于双向电泳的蛋白质组学研究路线最终也离不开质谱技术的应用。自20世纪80年代末,两种质谱软电离方式即电喷雾电离(e l e c t r o s p r a y i o n i z a t i o n ,E S I )和基质辅助激光解析离子化(m a -t r i x a s s i s t e d l a s e r d e s o r p t i o n i o n i z a t i o n ,M A L D I )的发明和发展解决了极性大、热不稳定蛋白质和多肽分 析的离子化和分子质量大的测定问题[1] ,蛋白质组学研究中常用的质谱分析仪包括离子阱(i o n t r a p ,I T ),飞行时间(t i m e o f f l i g h t ,T O F ),串联飞行时间(T O F -T O F ),四级杆/飞行时间(q u a d r u p o l e /T O F h y b r i d s ),离子阱/轨道阱(I T /o r b i t r a ph y b r i d ) 和离子阱/傅里叶变换串联质谱分析仪(I T /F o u r i e r t r a n s f o r m i o n c y c l o t r o nr e s o n a n c em a s s s p e c t r o m e t e r s h y b r i d s ,I T /F T M S ),这些质谱仪具有不同的灵敏度、分辨率、质量精确度和产生不同质量的M S /M S 谱[2] 。质谱作为蛋白质组学研究的一项强有力的工具日趋成熟,并作为样品制备及数据分析的信息学工具被广泛地应用。因此,有学者指出质谱技术 已在蛋白质组学研究中处于核心地位[3] 。目前在通量及所包含的分子信息内容上,基于质谱的蛋白质组学技术在细胞生物学研究中可以鉴定和量化
南方科技大学 南方科技大学（SUSTC） 南方科技大学（深圳）是国家高等教育综合改革试验校，承载着探索中国培养创新人才模式的重任。学校以理、工学科为主，兼有部分特色文、管学科；在本科、硕士、博士多层次上办学，一步到位按照亚洲一流标准组建专业学部和研究中心（所），借鉴世界一流大学办学模式，建成类似加州理工学院和洛克菲勒大学那样小规模高质量的高水平研究型大学。原中国科学技术大学校长朱清时院士出任创校校长。 中文名：南方科技大学所属地区：深圳 外文名：South University of Science and Technology of China 主要院系：书院、工学部、理学部、通识教育部 简称：南方科大、南科大、SUSTC校名题写：李政道（诺贝尔奖获得者） 创办时间：2011（教育部正式发文批准）教研骨干：晋升淘汰、世界知名、亚洲一流 现任校长：朱清时院士（原中国科技大学校长）学校地址：深圳市南山区西丽大学城 目标定位：高水平研究型大学（世界水平） 中文名：南方科技大学 外文名：South University of Science and Technology of China 简称：南方科大、南科大、SUSTC 创办时间：2011（教育部正式发文批准） 现任校长：朱清时院士（原中国科技大学校长）所属地区：深圳 主要院系：书院、工学部、理学部、通识教育部校名题写：李政道（诺贝尔奖获得者） 教研骨干：晋升淘汰、世界知名、亚洲一流 学校地址：深圳市南山区西丽大学城 目标定位：高水平研究型大学（世界水平） 目录 学校名称 校徽设计 开篇的话 学校简介 办学规模 师资力量 学科设置 教育改革 中文全称：南方科技大学[1] 中文简称：南方科大 英文全称：South University of Science and T echnology of China 英文简称：SUSTC 其他简称：南科大，科技大学，南方科大
